1956年社会主义改造基本完成后，民主党派是否有必要继续存在下去，在共产党和民主党派的部分人士中又一次产生了一些不同的看法。有人认为，各民主党派的阶级基础主要是民族资产阶级和小资产阶级，进入社会主义后，剥削阶级不复存在，民主党派自然是“皮之不存，毛将焉附”。毛泽东在总结中国共产党同民主党派长期合作的成功经验的基础上，吸取了国际共产主义运动的经验教训，提出了“长期共存、互相监督”的方针。
1956年4月25日，毛泽东在中央政治局扩大会议所做的《论十大关系》的讲话中，首先提出了长期共存、互相监督的思想，澄清了党内外对民主党派政治作用和历史地位的错误认识。中共八大政治报告的决议则重申：必须按照“长期共存、互相监督”的方针，继续加强同各民主党派和无党派民主人士的合作，充分发挥全国政协和各级协商机构的作用。1957年2月，毛泽东在最高国务会议第十一次（扩大）会议上作《关于正确处理人民内部矛盾的问题》的讲话时，对“长期共存、互相监督”的方针的提出及其重要意义又作了深刻的阐述。“长期共存，互相监督”，是中国共产党处理与各民主党派关系的基本方针。“长期共存”，指共产党与一切确实致力于团结人民从事社会主义事业得到人民信任的党派长期合作，共同奋斗；“互相监督”，指各党派互相提意见、建议、批评。这个方针的提出，在民主党派和无党派民主人士中引起强烈反响并深受鼓舞，大大推动了各民主党派工作的活跃和发展，也使广大中共党员对人民民主统一战线重要性的认识提高了一大步。
依据毛泽东《关于正确处理人民内部矛盾的问题》的讲话精神和委员们讨论的情况，政协第二届全国委员会第三次会议在政治决议中提出：“我们必须根据中国共产党和各民主党派‘长期共存、互相监督’的方针，继续发扬民主，健全国家政治生活；必须大力克服官僚主义。”会议关于常务委员会工作报告的决议指出：“中国人民政治协商会议当前的主要任务，是在中国共产党的领导下，根据‘长期共存、互相监督’的方针，进一步加强全国人民大团结，扩大民主生活，调动一切积极因素，为建成一个伟大的社会主义工业国而奋斗。”“要进一步扩大团结面，扩大民主生活，发挥互相监督的作用。通过日常活动和视察工作，密切联系群众，反映意见，向有关国家机关提出建议和批评。”
人民政协作为统一战线的组织和党派性的机构，在中国共产党的领导下充分发挥了调动各民主党派和党外民主人士参加社会主义建设的积极性，通过委员视察制度、学习与改造等制度的建设提高了政协工作的制度化水平。通过推动知识分子政策、“双百方针”等政策的贯彻落实，巩固了中国共产党领导的多党合作与政治协商制度。首先，从1955年起政协就建立了委员视察制度。根据毛泽东的提议，政协委员的视察同人大代表视察同时进行。其次，为了适应新形势发展的需要，进一步组织和推动民主人士和高级知识分子学习马列主义、毛泽东思想，进行自我教育和自我改造。1956年3月，政协第二届全国委员会常务委员会第二十次会议作出了《关于组织各界民主人士和工商业者进行政治学习和理论学习的决定》。再次，人民政协积极参与推动知识分子政策的贯彻执行。在中共中央召开关于知识分子问题会议后不久，政协第二届全国委员会第二次会议于1956年1月30日召开。这次会议的重要议程之一是讨论知识分子问题。周恩来在会上所作的政治报告中着重阐述了这个问题，宣布：现有知识分子的绝大多数已经成为国家工作人员，已经为社会主义服务，已经是工人阶级的一部分。这次会议对知识分子工作是一个很大的推动。全国人民特别是高级知识分子热烈响应周恩来在政治报告中发出的“向现代科学进军”的号召，迅速地掀起热潮。最后，人民政协通过举办“双周讲座”积极贯彻“双百方针”，活跃了政治氛围。
