1993年3月，第八届全国人大第一次会议通过了宪法修正案，其中宪法序言第10自然段末尾增加：“中国共产党领导的多党合作和政治协商制度将长期存在和发展。”宪法的这一修订意义重大，这是第一次以国家根本大法的形式肯定了我国各民主党派和共产党领导的多党合作制存在的合法性，将原来这种合法性从执政党的意志拓展到国家意志。
1994年，在全国政协八届二次会议上，政协章程第三次修改，将“参政议政”作为政协的主要职能写入章程，在政协章程中进一步明确了人民政协的主要职能是政治协商、民主监督、参政议政。修改过的政协章程在第一章“工作总则”第二条明确规定，人民政协的主要职能是政治协商和民主监督，组织参加政协的各党派、团体和各族各界人士参政议政。这样，人民政协的主要职能就从20世纪80年代早期的两项职能拓宽为三项职能，即政治协商、民主监督与参政议政。把参政议政同政治协商、民主监督一起列为人民政协的主要职能，既是政协工作的经验总结和新的概括，也反映了新的历史条件下人民政协工作的进步和发展。原国务院副总理、政协八届全国委员会副主席吴学谦说：“把参政议政同政治协商、民主监督一起列为政协的主要职能，是对政协工作的经验总结，是吸收中共十一届三中全会以来我国民主政治建设和政协工作的新经验、新成果而做出的具有重要意义的概括。”
修改后的政协章程在进一步明确人民政协的主要职能外，还突出了建设有中国特色社会主义理论、社会主义初级阶段的基本路线和中国共产党领导的多党合作和政治协商制度等问题，并注意吸收了改革开放十几年来我国民主政治建设和人民政协工作的新经验，增加了“中国共产党领导的多党合作和政治协商制度将长期存在和发展”、人民政协“是中国共产党领导的多党合作和政治协商的重要机构”等重要内容，改写和补充了有关我国社会状况、人民政协任务的表述，指出“我国正处在社会主义初级阶段”，在人民政协的任务方面增加了“以经济建设为中心”“促进社会主义精神文明建设”“推动社会主义市场经济的发展”等新内容。
1995年，中共十五大召开，十五大报告特别强调：“继续推进人民政协政治协商、民主监督、参政议政的规范化、制度化，使之成为党团结各界的重要渠道。”
1995年全国政协八届常委会第九次会议，将1989年制定的《关于履行职能的暂行规定》补充修改为《关于政治协商、民主监督、参政议政的规定》。这个《规定》明确指出人民政协的主要职能是政治协商、民主监督和参政议政，并对三大职能的主要内容和主要形式都作了明确规定，对人民政协履行职能的规范化、制度化作了全面阐述。这个《规定》是人民政协履行主要职能的规范性文件。中共中央十分重视，向各级党委发出1995年13号通知，转发这一《规定》，要求各地区、各部门结合实际，在开展政治协商和民主监督的工作中认真贯彻执行。通知强调人民政协在建设中国特色社会主义中的重要作用，要求各级党委进一步加强和改善对政协工作的领导。通知指出：“对国家和地方的大政方针以及政治、经济、文化和社会生活中的重要问题，要在决策之前在政协进行协商。”中共中央转发的《政协全国委员会关于政治协商、民主监督、参政议政的规定》，是党中央第一次以文件的形式明确了人民政协的主要职能。这个《规定》的通过和实施，对切实推进政协履行职能的规范化、制度化具有重要作用。
1999年，人民政协成立50周年。庆祝人民政协成立50周年大会全面回顾了人民政协的光辉历程，深刻总结了半个世纪以来政协工作的基本经验，明确提出了面向新世纪政协工作的方针原则，将人民政协50年不平凡的发展历程科学精辟地概括为团结和民主两大主题，指出：“在中国共产党的领导下实行团结和民主是人民政协性质的集中体现，是人民政协产生和发展的历史依据，是人民政协继往开来的方向和使命。”这是党中央第一次提出人民政协的主题，并指出这是人民性质的集中体现。
人民政协团结和民主两大主题的科学论断，是对老一辈无产阶级革命家关于人民政协理论的重要发展，丰富了人民政协的思想宝库，把团结和民主作为人民政协工作的主题。
