2000年，中国进入了改革发展的关键阶段。2002年，中共十六大报告在阐述全面建设小康社会的宏伟战略目标时指出：“全面建设惠及十几亿人口的更高水平的小康社会，使经济更加发展、民主更加健全、科教更加进步、文化更加繁荣、社会更加和谐、人民生活更加殷实。”2003年10月，中共十六届三中全会在北京召开，会议提出要“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”。2004年9月，中共十六届四中全会明确提出构建社会主义和谐社会的重大战略目标，把提高构建社会主义和谐社会的能力确定为加强党的执政能力建设的重要内容，反映了我们党对中国特色社会主义事业发展规律的新认识。全会强调要“把和谐社会建设摆在重要位置”“形成全体人民各尽其能、各得其所而又和谐相处的社会”。2006年12月30日，中共十六届六中全会作出的《中共中央关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》，对构建社会主义和谐社会做出重要部署。
人民政协事业是中国特色社会主义事业的有机组成部分，人民政协的命运始终与国家和民族的发展紧密相连。2004年9月，庆祝人民政协成立五十五周年大会强调，在和谐社会建设中，“人民政协肩负的责任重大，地位重要，进一步动员、组织、团结全国各族人民和一切爱国力量为实现新世纪新阶段我国发展的宏伟目标而奋斗，是摆在我们面前的一项重大任务，也是人民政协的历史使命”，对人民政协提出了更高的要求。2005年7月，全国政协十届常委会第十次会议闭幕会指出：“人民政协的本质属性与构建社会主义和谐社会的要求是完全一致的。它的主要职能、组成结构、工作原则和活动方式，都与构建社会主义和谐社会有着紧密的关系。”
新形势下，人民政协围绕党和国家的重点工作，充分发挥工人、农民、知识分子的主体作用，发挥新的社会各阶层人士的积极作用，协助党和政府协调关系、化解矛盾、关注民生，围绕构建社会主义和谐社会建言献策。
2000年3月，全国政协九届三次会议对政协章程进行了第四次修改。这主要是与1999年通过的宪法修正案相衔接，对一些重要理论和方针政策的提法进行修订。章程增加了学习邓小平理论，贯彻依法治国方略，坚持以公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，坚持按劳分配为主体、多种分配方式并存的分配制度，促进社会生产力的解放和发展等内容。
2004年3月12日，全国政协十届二次会议通过了中国人民政治协商会议章程修正案。这是政协章程自1954年制定以来的第五次修改。修改的目的是贯彻中共十六大精神，同十六大通过的党章修正案和十届全国人大二次会议当时正在进行的宪法修正工作相衔接。这次比较重要的修改可以归纳为16条，主要体现在4个方面：一是把马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想确定为人民政协的指导思想。二是对基本政治制度、政协性质、政协职能、政协两大主题进行完整的、准确的表述，把中国共产党领导的多党合作和政治协商制度是我国的一项基本政治制度写入政协章程。把表述人民政协性质的三句话和表述人民政协职能的三句话进行了规范和调整，重新写入章程；把团结和民主是人民政协的两大主题写入章程。三是对政协委员的条件、权利、义务作了明确规定。四是对政协履行职能的制度和程序进一步加以完善和规范。明确规定了政协换届大会预备会议的程序，解决了长期存在的政协换届大会新老衔接程序不顺的问题。对政协界别和委员产生的程序也作了必要的规定和补充。
2003年至2004年十届全国政协期间，人民政协加强了建立健全与政协章程配套的各项规章制度建设，制定和修订了政协自身建设的八项制度草案，即《政协全国委员会全体会议工作规则（草案）》《政协全国委员会反映社情民意工作条例（草案）》《政协全国委员会常务委员会工作规则（修订草案）》《政协全国委员会主席会议工作规则（修订草案）》《政协全国委员会秘书长会议工作规则（修订草案）》《政协全国委员会专门委员会通则（修订草案）》《政协全国委员会提案工作条例（修订草案）》《政协全国委员会委员视察工作条例（修订草案）》。制定和修订的八项工作制度充分体现了政协工作形式和任务的新进展，对人民政协参与国家政治生活起到指导和规范作用，也使得人民政协的职能履行有了更加具体的制度规范。
2005年至2006年，中共中央先后颁发了三个与人民政协事业发展密切相关的重要文件———《关于进一步加强中国共产党领导的多党合作和政治协商制度建设的意见》《关于加强人民政协工作的意见》《关于巩固和壮大新世纪新阶段统一战线的意见》。其中，《关于加强人民政协工作的意见》是中共中央第一次专门就人民政协工作颁发的规范文件。文件提出“人民政协是中国共产党把马克思列宁主义统一战线理论、政党理论和民主政治理论同中国具体实践相结合的伟大创造”。这是党的文件第一次对人民政协三大理论基石进行概括和表述。文件还指出：“人民通过选举、投票行使权利和人民内部各方面在重大决策之前进行充分协商，尽可能就共同性问题取得一致意见，是我国社会主义民主的两种重要形式。”两种民主形式以及两种民主概念的提出，成为我国民主政治理论和实践的重大创新。
2007年中共十七大召开，明确了要坚持和完善人民代表大会制度、中国共产党领导的多党合作和政治协商制度、民族区域自治制度以及基层群众自治制度，不断推进社会主义政治制度自我完善和发展。人民政协在我国政治体制中的重要作用有了更加充分的体现。
第四、第五次政协章程的修订，以及与政协章程配套的各项规章制度，尤其是中央关于人民政协事业相关文件的出台，对进一步规范人民政协的性质、定位，对人民政协事业的发展和政协工作的开拓，具有十分重要的意义。人民政协根基更加稳固，履职工作更加规范，在推动国家各项事业发展中发挥了重要作用。
2003年十届全国政协以来，人民政协围绕促进发展这个履职的第一要务，全面落实科学发展观，围绕国家发展的大目标，立足国家建设的大格局，围绕制定和实施“十一五”规划、构建社会主义和谐社会、加强和改善宏观调控、建设社会主义新农村等重大问题，提出许多重要意见和建议。五年中，共受理提案23000余件，形成视察报告100多份，提出调研报告270多份，组织大会发言4000余篇，反映社情民意信息6600多篇，为党和政府的科学决策和部署提供了具有重要价值的参考，为经济社会全面协调可持续发展做出重要贡献。
十一届全国政协围绕经济社会发展的重要问题积极议政建言。2008年，开展专题调研55项，立案并交办提案4700余件,推动了经济发展和转型中的一些重点难点问题的解决。2009年，全国政协把保持经济平稳较快发展作为履行职能的重要任务，共开展专题调研53项，立案并交办提案1800多件,为党和政府积极有效地应对国际金融危机冲击做出了重要贡献。2010年，人民政协围绕编制“十二五”规划，深入开展协商议政，推动我国经济社会科学发展，不断迈上新台阶。（友报）
